Mikotoksinler, tarladan depoya uzanan zincirin herhangi bir noktasında oluşabilen ve ısıl işlemle yok edilemeyen bulaşanlardır; aflatoksin, okratoksin A, deoksinivalenol ve fumonisin başta olmak üzere ürün gruplarına göre farklı riskler öne çıkar. Bu alanda en kritik teknik konu numune almadır: dağılımın son derece heterojen olması nedeniyle yanlış alınmış bir numune, laboratuvar ne kadar iyi olursa olsun yanıltıcı sonuç verir. Program; önleme, izleme ve karar süreçlerini birlikte ele alır. Altı modül; mikotoksin biyolojisi ve risk profilleri, mevzuat limitleri, numune alma, analiz yöntemleri, önleme ve azaltma stratejileri, tedarik zinciri ve uygunsuzluk yönetimi ekseninde ilerler. Katılımcılar kendi ürün gruplarında risk haritası çıkarır, temsili numune alma protokolünü saha uygulamasıyla çalışır, sınıra yakın sonuçlarda karar verme atölyesi yapar. Program sonunda her katılımcı, risk haritası, numune alma protokolü, izleme planı ve uygunsuzluk müdahale akışını içeren bir mikotoksin yönetim dosyası üretir.