Zararlı kontrolü, gıda güvenliği yönetim sisteminin dışarıya devredilen ancak sorumluluğu devredilemeyen ön koşul programıdır. Denetimlerde en sık karşılaşılan uygunsuzluklar; istasyonların gerekçesiz yerleştirilmesi, izleme kayıtlarının trend analizine dönüştürülmemesi ve hizmet sağlayıcı raporlarının işletme tarafından hiç sorgulanmamasıdır. Program, kemirgen, uçan ve yürüyen zararlılar ile depo zararlılarının biyolojisini işletme koşullarıyla ilişkilendirir; entegre zararlı yönetimi (IPM) yaklaşımını, kimyasal uygulamanın son çare olduğu bir hiyerarşi içinde ele alır. Dört modül; risk haritalama ve istasyon tasarımı, izleme ve trend analizi, düzeltici faaliyet ve yapısal önlemler, hizmet sağlayıcı yönetimi ve denetim hazırlığı ekseninde ilerler. Katılımcılar kendi tesis krokileri üzerinde çalışarak istasyon numaralandırma, dış çevre bariyeri ve yem-tuzak seçimini gerekçelendirir; gerçek izleme verileri üzerinden aktivite trendi çıkarır ve eşik aşımlarını yorumlar. Program sonunda her katılımcı, kroki, istasyon listesi, izleme sıklığı, eşik değerler ve düzeltici faaliyet akışını içeren tam bir zararlı kontrol programı dosyası üretir.