Ruhsat alındığı anda biten değil, başlayan bir sorumluluktur. Üretim yerinin değişmesi, etkin madde üreticisinin eklenmesi, raf ömrünün uzatılması, ambalaj bilgisinin güncellenmesi veya yeni bir endikasyonun eklenmesi; her biri kendi kuralları, belge seti ve değerlendirme süresi olan ayrı bir varyasyon başvurusudur. Yanlış sınıflandırılan bir varyasyon dosyanın reddine, gecikmiş bir bildirim ise uygunsuz ürünün piyasada bulunmasına yol açabilir. Bu nedenle varyasyon yönetimi, regülasyon biriminin en sürekli ve en operasyonel işidir. Program altı modülde varyasyon yönetmeliğini uygulamaya çevirir. Katılımcılar sınıflandırma alıştırmalarıyla küçük ve büyük varyasyon ayrımını netleştirir, koşul ve belge gerekliliklerini kontrol listeleriyle eşleştirir, gruplandırma ve iş bölümü senaryolarını çalışır. Örnek varyasyon dosyası çalışmalarında gerçek yapıya sadık değişiklik talepleri baştan sona dosyalanır. Program sonunda katılımcı, kendi portföyü için varyasyon planlama takvimi, sınıflandırma karar ağacı ve dosya kontrol listesi üretmiş olur.