Gıda güvenliği sistemleri kazara oluşan tehlikeleri kontrol etmek üzere tasarlanmıştır; oysa günümüzde tesisleri ve markaları en çok zorlayan olaylar kasıtlıdır. Bir yanda sabotaj, içeriden tehdit ve siber destekli müdahale gibi zarar verme amaçlı eylemler, diğer yanda ekonomik kazanç amacıyla yapılan seyreltme, ikame ve menşe yanıltması bulunur. GFSI tanınan şemalar bu iki alanı ayrı ayrı ele almayı ve her tesisin dokümante edilmiş bir savunma planı bulundurmasını zorunlu kılar. Program altı modülde tehdit ve kırılganlık değerlendirmesini birbirinden ayırarak öğretir. Katılımcılar kendi ürün ve hammadde portföylerini kullanarak TACCP tehdit matrisini ve VACCP kırılganlık puanlamasını oluşturur, kritik erişim noktalarını haritalar ve doğrulama testi stratejisini belirler. Uygulama atölyesinde ürün bazlı değerlendirme tamamlanır ve her katılımcı erişim kontrolü, personel güvenilirliği, tedarikçi doğrulaması ve olay müdahale adımlarını içeren bir savunma planı taslağıyla programı bitirir.