Ar-Ge ve tasarım merkezi statüsü, önemli vergi ve sigorta avantajları sağlarken karşılığında personel sayısı, proje dokümantasyonu, faaliyet raporlaması ve dışarıda geçirilen süre gibi başlıklarda sıkı bir takip yükümlülüğü getirir. Uygulamada en sık yaşanan sorun, teşvikin muhasebe tarafında doğru hesaplanmasına rağmen faaliyet kayıtlarının denetimde yetersiz kalmasıdır. Bu nedenle teşvik yönetimi, mali işlerle proje ofisinin ortak yürütmesi gereken bir süreçtir. Program altı modülde mevzuat çerçevesinden başlar, başvuru ve yükümlülük takibiyle devam eder, teşvik hesabı ve denetim hazırlığıyla tamamlanır. Katılımcılar örnek bordro ve proje verisi üzerinde indirim ve istisna hesabı yapar, faaliyet raporu bölümlerini doldurur ve denetim soru setine kanıt eşler. Program çıktısı olarak bir yükümlülük takip çizelgesi ve denetim kanıt dosyası planı hazırlanır.