Klinik araştırma bütçesi, protokolün her viziti ve her işlemi maliyete çevrilerek kurulur. Hasta başı maliyetin yanında merkez başlangıç ücretleri, arşivleme, etik kurul harçları, laboratuvar ve görüntüleme geçiş maliyetleri, gönüllü yol ve zaman ödemeleri ile beklenmeyen işlemler için ayrılan rezerv birlikte hesaplanır. Sözleşme tarafında ise ödeme takvimi, fikri mülkiyet, yayın hakkı, tazminat ve sigorta hükümleri müzakerenin ağırlık merkezini oluşturur. Bütçe ile sözleşmenin birbiriyle konuşmadığı durumlarda, merkezle sponsor arasında yıllara yayılan ödeme uyuşmazlıkları doğar. Program altı modülde bütçe ve sözleşmeyi tek bir süreç olarak ele alır. Katılımcılar protokolden vizit akış tablosu çıkarır, işlem bazlı hasta başı maliyeti hesaplar, dolaylı gider ve genel yönetim payını ekler ve bütçeyi nakit akışına bağlar. Müzakere vakalarında merkez talepleri karşısında savunulabilir pozisyonlar geliştirilir; sözleşme atölyesinde kritik maddeler yeniden yazılır. Program sonunda katılımcı, tam bir çalışma bütçesi dosyası, ödeme takvimi ve sözleşme müzakere notu üretmiş olur.